Les vestiges de Filakopi, la Milos néolithique, s'éparpillent sur la proche colline, côté est. Groupée en hameaux, la première capitale de l'île et probable ancienne colonie crétoise s'épanouit dès le milieu du 3e millénaire avant notre ère. Elle révèle une organisation déjà très évoluée. Elle a prospéré pendant 3 500 ans avant d'être détruite par les Doriens et abandonnée au 11e s. av. J.‑C. Le site trahit une influence minoenne, puis mycénienne dans sa dernière période.