Construite en 1387, aux premières heures de la christianisation du pays, l'église St-Jean existait déjà lors de la création de l'université mais a pris son allure baroque au 18e s. À l'intérieur, les 10 autels restant sur les 22 d'origine (18e s.) forment un ensemble riche, complexe mais harmonieux, unique dans cette partie de l'Europe, tandis que le soleil illumine les vitraux colorés dessinés à Paris et à Riga. Son clocher, avec ses 68 m, est le plus haut de la vieille ville.