Fondée par le Père Junipero Serra en 1775, San Juan Capistrano est considérée comme la plus belle mission de Californie du fait de la beauté de son site. À l'entrée, dominant la cour, les ruines de Great Stone Church confèrent au site un air mystérieux et romantique, révélant la splendeur passée de cet édifice, fer de lance des missions californiennes jusqu'à sa destruction par un séisme en 1812. Son toit était coiffé de plusieurs dômes et d'un clocher visible à 20 km à la ronde. Les 4 cloches ont été conservées. Le jardin est parsemé de vestiges des arches, du portail et des linteaux romans. Dans l'aile ouest, 3 salles racontent l'histoire de la mission. Dans l'aile est se trouve la chapelle (1776), ou « Serra Church ». Le retable baroque du 17e siècle a été importé de Barcelone en 1924. La région est célèbre pour ses hirondelles, qui affluent chaque année au printemps après avoir passé l'hiver en Argentine. Le départ et le retour des oiseaux donnent lieu à une fête populaire.