La Santa Casa da Misericórdia, institution catholique portugaise, a ouvert sa première « filiale » au Brésil en 1549. Son hôpital en pisé a été remplacé en 1697 par cet imposant complexe bâti autour de deux cloîtres et d'une église. Il abrite un musée où l'on peut apprécier le prestige de cette institution qui vivait des dons des notables de la colonie (représentés dans la galerie des portraits). La visite, guidée, traverse aussi la sacristie, richement meublée et décorée, une loggia incrustée de marbre avec vue sur la baie et un Salão Nobre tapissé d'azulejos.