Centre de la secte Hosso, ce temple (680) est l'un des plus anciens et des plus sacrés de la ville. Gravement endommagé par le feu en 973 puis en 1528, Yakushi-ji a été entièrement reconstruit à l'exception du To-to, la pagode de l'Est. Haute de trois étages (34 m), elle paraît en avoir six en raison des auvents intermédiaires. Le Kon-do, hall principal (1635), abrite une grande triade en bronze du bouddha Yakushi datant de 697, très imprégnée du style naturaliste des Tang chinois. Le Toin-do, ou pavillon de l'Est (1285), a lui pour pièce maîtresse une Sho Kannon du 7e s. d'influence indienne.