Dans ce musée situé dans l'aile du 19e s. du monastère des Hiéronymites, poteries, armes, bijoux évoquent les premières heures de la présence humaine au Portugal. Des stèles et des statues-menhirs illustrent notamment l'époque mégalithique et l'âge du fer. La période romaine est particulièrement bien représentée avec, par exemple, La Fortune, une statuette en bronze du 1er s. Le Trésor abrite une riche collection d'orfèvrerie archaïque : bracelets, boucles d'oreilles en or.