Situé dans deux bâtiments distincts, l'aile ouest du monastère des Hiéronymites et le pavillon des Galiotes, le musée de la Marine est un conservatoire du passé maritime portugais. On y découvre de nombreuses maquettes d'embarcations de différentes époques qui illustrent les découvertes, la marine militaire, avec notamment des cartes anciennes, la marine de pêche. L'embarcation la plus remarquable par sa décoration est le brigantin royal construit en 1778 pour les noces du futur roi Jean VI.