Le siège de l'université est installé depuis le 16e s. dans la chapelle d'un ancien couvent. Elle conserve des salles anciennes et notamment, au 1er étage, une salle « de transpiration » : les étudiants y attendent le moment de passer leur examen. L'Academisch Historisch Museum (Musée historique de l'université), situé dans la « salle voûtée » (Gewelfkamer), illustre l'histoire de l'université de Leyde depuis 1575.