Le Musée historique de Crète offre l'occasion de se familiariser avec la culture et l'histoire de l'île : dix-sept siècles présentés de manière chronologique et introduits par une intéressante maquette d'Héraklion. Le musée présente, entre autres, les deux seules oeuvres du Greco en Crète : le Baptême du Christ (1567) et la Vue du mont Sinaï et du monastère de sainte Catherine (1570), l'écrivain Nikos Kazantzakis, natif d'Héraklion, et enfin, une petite section ethnographique.