Le musée est abrité par une bâtisse aux allures de forteresse, riche d'histoire. De marché aux céréales, elle devint garnison puis prison. El Pípila en brûla la porte pour déloger les Espagnols, marquant la première bataille décisive de la révolution. Dans l'escalier principal, deux superbes fresques monumentales de José Chávez Morado immortalisent la guerre d'Indépendance. L'archéologie a la part belle, avec notamment une collection de sceaux préhispaniques et de céramiques Chupicuaro.