Les archives d'Eisenstadt font état de la présence de juifs dès 1296. En 1671, quand l'empereur Léopold Ier les a chassés de Vienne, nombre d'entre eux sont venus se réfugier ici, dans le quartier d'Unterberg, toujours bien conservé aujourd'hui. Cet ancien ghetto, où l'on peut encore voir les chaînes de bronze qui servaient jadis à l'isoler pendant le shabbat, était célèbre pour son école de formation de rabbins.