Sous le porche de la cathédrale, surmonté d'une petite galerie délicatement ajourée, l'encadrement du vieux portail roman subsiste au milieu de la façade gothique. La crypte romane révèle une partie du transept hérissé de quatre absidioles et creusé d'une fosse contenant les restes du sarcophage de saint Bénigne, premier martyr bourguignon. Cette sépulture fait face à une large ouverture sur l'étage inférieur de la rotonde dont l'architecture reprend celle du tombeau du Christ à Jérusalem.