En retrait derrière un jardin, l'église San Francisco à la façade baroque du 17e s., bien plus sobre que celle de la cathédrale, est sans doute le premier sanctuaire chrétien fondé au Pérou. Près du maître-autel, on accède à des catacombes. L'église est annexée à un couvent ouvert à la visite, qui occupe l'emplacement d'un temple ou d'un palais que les Espagnols désignaient sous le nom de Fuente del Inca.