Le musée retrace la vie de l'homme aquitain de la préhistoire à nos jours. Outre le trésor de Tayrac (2e s. av. J.-C.), et celui de Garonne (4 000 pièces) de la période gallo-romaine, les salles consacrées aux 18e et 19e s. abordent le commerce triangulaire, les colonies et le rôle du port dans le développement de Bordeaux. Elles présentent un grand intérêt. Enfin de nouvelles salles retracent les mutations passées et à venir de la métropole.