Installé dans le bâtiment de la Pia Almoina (14e s.), qui recèle une belle galerie gothique et la Sala Mayor, décorée de peintures murales, le musée présente l'histoire de la région depuis les temps les plus reculés jusqu'au Moyen Âge. Les salles de paléontologie et de préhistoire abritent les vestiges de sites archéologiques de la région du Pla de l'Estany. Parmi eux, on remarque la réplique de la très connue mâchoire de Banyoles, vestige humain du paléolithique inférieur.