Ce couvent dominicain, fondé à la fin du 15e s., fut la résidence d'été des Rois catholiques et le siège de l'Université. Son église (un seul vaisseau avec deux tribunes) abrite le beau mausolée d'albâtre de l'infant don Juan, oeuvre de 1512 réalisée par Domenico Fancelli. Les cloîtres du Novice (d'une extrême simplicité), du Silence (assez petit pour être intime), et des Rois (musée d'Art oriental) conduisent à la tribune du choeur et à celle du maître-autel où le retable de saint Thomas, chef-d'oeuvre de Berruguete peut être admiré de près.