Imposante, cette basilique consacrée en 1253, marque l'évolution des franciscains vers le faste et la décoration, sous l'influence du frère Élie chargé de sa construction. Celle-ci se compose d'une basilique inférieure, sombre et trapue, décorée de fresques (de Simone Martini) et de la basilique supérieure, haute et élancée, offrant le spectacle d'une structure gothique accomplie et décorée d'un admirable cycle de peintures de Giotto évoquant la Vie de saint François.