Le musée présente l'histoire de la puissance maritime de la Sérénissime. Une salle est consacrée au Bucintaure, navire d'apparat du doge, détruit par Napoléon en 1798 et actuellement en reconstruction. Une partie de la collection est exposée au Padiglione delle Navi. Dans les hangars où se fabriquaient les rames sont exposés une cinquantaine de bateaux.