Ce complexe muséal se répartit sur trois édifices religieux proches les uns des autres. Le couvent Santo André accueille deux expositions dédiées, l’une à l’Histoire naturelle et l’autre à l’histoire du couvent lui-même. Le couvent Santa Bárbara situé en contrebas, accueille des expositions temporaires variées. Igreja do Colégio dos Jesuitas, elle abrite la collection d’art sacré du musée Machado (Núcleo de Arte Sacra) dont la pièce maîtresse est la superbe nef richement sculptée qui domine l’autel.