Les collections proviennent des fouilles effectuées à Capula, Cucuruzzu, Caleca et Curacchiaghju. Remarquez notamment la présence du plus ancien vestige humain mésolithique mis au jour en Corse, la « Dame de Bonifacio » ; un outillage de silex et d'obsidienne (période néolithique) ; des céramiques, des bijoux et des parures (âge du bronze et âge du fer) ; des monnaies et une vaisselle originale (Moyen Âge). Un espace abrite le Christ en ivoire (vers 1516) réalisé par un élève de Donatello.