Achevée en 1591, l'église connut un rayonnement religieux et culturel important en Amérique latine. En 1842, l'église est convertie en entrepôt et quatre ans plus tard, un cyclone abat le choeur qui sera remplacé par un trompe-l'oeil. Depuis 1990, l'ensemble a fait l'objet de travaux de restauration et accueille désormais des concerts. Dans la nef sont exposés ivoires et pièces d'orfèvrerie tandis que le cloître abrite une maquette du couvent et des objets liturgiques.