Juchée sur une colline artificielle, dominant la place du Registan, la forteresse de l'Émir était organisée comme une ville dans la ville. Malgré les bombardements russes, la forteresse n'a rien perdu de sa superbe et conserve les très belles décorations du palais et de la salle des couronnements. À voir également : les prisons, où étaient jetés les rares Occidentaux ayant réussi à pénétrer dans Boukhara après son déclin commercial.