Posé au confluent du Rhône et de la Saône, le musée a ouvert fin 2014. Son enveloppe, pensée par l'agence autrichienne Coop Himmelb(l)au comme une métaphore de la connaissance, est constituée d'un « cristal » de verre (le monde connu) agrégé à un immense « nuage » en inox (l'inconnu et la découverte). Au croisement du musée des Sciences, de l'Homme et des Arts et Métiers, le musée raconte la terre depuis ses origines, l'évolution de l'humanité et la structuration des sociétés à l'aide de collections héritées de grands musées français.