Jouxtant la citadelle, cette basilique ordonnée par l'empereur Justinien (6e s.) honore saint Jean. Au retour de son exil à Patmos, l'apôtre y aurait rédigé son évangile avant de s'éteindre. Les vestiges de la basilique St-Jean, laissent imaginer ce que furent les sanctuaires byzantins primitifs - trois nefs et un transept clôturé par l'abside. L'édifice amena ici une innovation qui devait préfigurer l'avenir : il se coiffait de coupoles.