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Le rez-de-chaussée est consacré à Michel-Ange et au 16^e s. Du génial Buonarotti, on retiendra un Bacchus ivre, oeuvre jeunesse encore très antiquisante (1497-9), une Vierge avec l'Enfant et saint Jean (1504-6) qui transpose dans le marbre le célèbre sfumato pictural du Vinci, un buste inachevé de Brutus, plus tardif (1540), et un David-Apollon (1530) auquel sont imprimées les marques de prédilection de l'artiste dans sa maturité pour la souplesse adolescente du corps. Dans la même salle, le contraste est saississant avec les oeuvres de Benvenuto Cellini (le Narcisse en marbre, le Persée délivrant Andromède) à la pose plus souple et moins sculpturale.
C'est avec Donatello et ses élèves, Agostino di Duccio, Setignano (auteur de différentes versions du Baptiste) que s'ouvre le premier étage : Cupidon en bronze, David (avec deux versions, l'une de jeunesse en marbre datée de 1412 et contemporaine du Saint Georges encore gothique, l'autre de la maturité (1440) en bronze, où l'artiste manifeste la maîtrise de sa technique), le Marzocco florentin, et une Mise en Croix de bronze doré exécutée à la fin de sa vie. Au même étage, ivoires et majoliques.
À l'étage supérieur, outre la salle des armes qui permet d'admirer armures, boucliers, fusils ouvragés et selles sculptées, les salles Della Robbia proposent des céramiques vernissées dans lesquelles la famille s'est illustrée, et la salle Verrochio avec une nouvelle version en bronze de David (1476) qui n'est pas sans évoquer, en plus fragile, le personnage de Donatello.